Este termo possui conceitos diferentes, cada um dependerá da especialidade científica onde for aplicado. Por exemplo, em biologia, a epigênese é uma velha teoria sobre o mecanismo pelo qual o ser humano se desenvolve, ou seja, um embrião evolui a partir do zigoto que ainda não foi distinguido, o que mostra a inexistência de elementos em miniatura, órgãos que já estão presentes nos gametas.
Essa teoria contradiz a teoria da pré-formação, que afirma que a evolução de um embrião representa o crescimento de um organismo já pré-formado. Porém , de acordo com a epigênese, os órgãos que compõem o embrião são formados do nada, por meio de estímulos derivados do meio ambiente.
Essa teoria interpreta o mecanismo de sintonia final, por meio do qual cada ser é acoplado, de forma eficiente ao seu ambiente, a partir das capacidades incluídas em sua codificação genética. Já que os genes geralmente fazem parte de uma rede um tanto complicada de interações que mantém o feedback. E, portanto, eles não procedem de forma independente.
Ao longo da história, sempre houve um debate que confronta a teoria epigenética com a pré-formação. Porém, o pré-formacionismo chega ao fim, no mesmo momento em que a tecnologia pôde demonstrar a origem epigenética dos órgãos. Deve-se acrescentar que este debate foi um dos mais históricos já vistos, ocorrendo durante o século XIX.
Já no campo da mineralogia, o termo epigênese é usado para se referir à modificação da natureza química de um mineral, sem a necessidade de alterar sua estrutura.
