O conceito de fermentação foi se modificando com o passar do tempo e atualmente engloba um grande número de diferentes processos e produtos finais, onde de acordo com cada um deles pode ser definido de forma diferente. O termo pode ser aplicado em processos muito simples, bem como em escala industrial. Porém, em sua definição, dois critérios prevaleceram, um bioquímico e outro microbiológico.
Do ponto de vista bioquímico, a fermentação responde a qualquer processo no qual as substâncias orgânicas sofrem modificações químicas para produzir energia, gerada exclusivamente em condições anaeróbias (sem a participação de oxigênio), uma vez que alguns microrganismos só vivem na ausência de oxigênio.
Por sua vez, do ponto de vista microbiológico, a fermentação responde àquele processo em que os microrganismos produzem metabólitos (enzimas, etanol, butanol, acetona, ácidos orgânicos, entre outros) ou biomassa (células microbianas), a partir do uso de substâncias orgânicas., na ausência (anaeróbio) ou na presença de oxigênio (aeróbio).
Um exemplo disso seria o caso das leveduras (fungos microscópicos) que se utilizam para fermentar o pão, requerem a presença de açúcar ou glicose, pois é esta que passa a ser seu alimento e permite que cresçam em tamanho..
É assim que a fermentação é utilizada para criar diferentes produtos, que variam de acordo com o substrato, o microrganismo utilizado (como fungos, bactérias e bolores) e os fatores que regulam o processo.
Para muitas pessoas, o termo significa apenas a produção de álcool, onde intervém a fermentação de cereais e frutas, para produzir cervejas e vinhos respectivamente, mas existem outros produtos que são obtidos por meio desse processo, como ácido lático, ácido butírico e ácido acético (vinagre).
A produção deste último faz-se com uma fermentação em presença de oxigénio, apesar de a maioria dos processos realizados hoje serem anaeróbicos.
Além disso, existem alimentos fermentados, como iogurte, molho de soja e queijos.
Isso porque se descobriu que a fermentação permite que os alimentos durem mais tempo e também modifiquem seu sabor.
Por fim, a fermentação tem sido utilizada há aproximadamente oito mil anos, apesar da falta de conhecimento à época da influência dos microrganismos que intervêm em seus processos.