A origem do microscópio ocorreu porque os antigos sabiam que olhar através de espelhos curvos ou esferas de vidro com água fazia com que pequenas coisas vissem com ampliação. É então que as primeiras décadas do século XVII começam a fazer testes com lentes a fim de obter uma maior ampliação dos objetos. Para isso se basearam no primeiro instrumento feito com lentes que teve grande sucesso "o telescópio " usado pela primeira vez em fins astronômicos por Galileu no ano de 1609.
No início do século 20 a fabricação deste concentrou-se principalmente na Alemanha e nos anos seguintes foram desenvolvidos contraste de fase, fluorescência, holografia, interferência, raios X, luz ultravioleta, métodos com elétrons e prótons. Também foram desenvolvidos microscópios computadorizados para quantificação, quantificação e análise tridimensional, esses instrumentos abriram muitos campos na área da microscopia. De 1660 até os dias atuais, o microscópio óptico tem sido o pilar fundamental para o estudo do invisível. Porém, sua resolução aumentou ao longo do tempo com a melhoria da qualidade das lentes, bem como seu poder de ampliação.
Em 1930 o mundo submicroscópico se expandiu com a criação do microscópio eletrônico cuja principal diferença para o microscópio óptico é o aumento de 1000 vezes mais na fase de ampliação do material observado, acompanhado por uma melhor capacidade de resolução gerando melhor definição e ampliação no mundo microscópico.
Existem dois tipos de microscópios eletrônicos básicos , ambos foram inventados ao mesmo tempo, mas cumprem funções diferentes, são elas:
- Microscópio eletrônico de transmissão (MET): é responsável por projetar elétrons através de uma fina camada de material ou tecido a ser observado, refletindo uma imagem em uma tela fosforescente.
- Microscópio eletrônico de varredura (SEM): produz uma imagem que dá a impressão de estar em três dimensões. Este microscópio usa três ou dois pontos onde os elétrons da amostra chegam para fazer a varredura da superfície do espécime a ser observado.
A maioria dos pioneiros da microscopia eletrônica em biologia ainda está viva e os mais importantes são: Albert Claude, Earnest Fullam, Don Fawcett, Charles Leblond, John Luft, Daniel Pease, Keith Porter e George Palade.