A palavra molécula é um diminutivo da palavra latina "moles", que significa massa, então molécula significa "pequena massa". Uma molécula é a união ou conjunto de dois ou mais átomos, que podem ser iguais ou diferentes, se esses átomos forem separados isso mudaria as propriedades da matéria.
Uma molécula é um sistema estável e eletricamente neutro, composto por um conjunto de dois ou mais átomos ligados por ligações químicas, chamadas ligações covalentes. Esses átomos podem ser iguais aos do hidrogênio (H2) e do oxigênio (O2), que são moléculas diatônicas, ou podem ser formados por átomos diferentes, como é o caso da água (H2O), que é composta por dois átomos de hidrogênio. e um de oxigênio e gás metano (CH4) em cuja molécula há quatro átomos de hidrogênio ligados a um de carbono.
A molécula é considerada a menor porção que pode ser obtida da matéria para que ela retenha suas propriedades químicas. A principal razão pela qual as moléculas se formam é que existem átomos que tendem a atingir uma condição de energia mínima e para isso o faz através de ligações covalentes com outros átomos que apresentam a mesma condição, esta ligação não pode ser facilmente dissolvida., e é aí que nasce uma molécula.
Numa substância, as moléculas que as compõem não são estáticas, pelo contrário, estão em constante movimento, o que se denomina vibração molecular, que por sua vez pode ser de flexão ou tensão.